El castillo de Nagoya, actualmente restaurado, fue construido en 1609. Sin embargo, en el lugar donde está construido el Castillo de Nagoya, ha habido un castillo llamado Castillo de Nagono desde el período Muromachi, y se considera que es el predecesor del Castillo de Nagoya. Aunque no se sabe con certeza cuándo se construyó el castillo, se dice que fue construido por Imagawa Ujichika, el padre de Yoshimoto Imagawa, a mediados del siglo XVI. Después de eso, un hombre llamado Ujitoyo Imagawa se convirtió en el señor del castillo de Nagoya, pero fue obligado a abandonar el castillo en 1532 debido a un plan de Oda Nobuhide, el padre de Oda Nobunaga. Después de eso, el castillo pasó a manos de Nobuhide Oda y se convirtió en la base del clan Oda. También hay un pasaje que dice que Oda Nobunaga nació en este Castillo de Nagono. Nobuhide Oda nombró al joven Nobunaga señor del castillo de Nagono, y él mismo construyó el castillo de Furuto en 1534 y se mudó allí.
Oda Nobunaga, que sucedió a su padre Nobuhide en 1555, destruyó a su familia, Oda Nobutomo, y trasladó su base al castillo de Kiyosu. Se dice que el castillo de Nagono fue visitado por el tío de Nobunaga, Nobumitsu Oda, y el vasallo mayor de Nobunaga, Hidesada Hayashi, pero finalmente fue abandonado.
En 1609, Tokugawa Ieyasu ordenó el traslado de la capital de Kiyosu a Nagoya, y al mismo tiempo ordenó la construcción del Castillo de Nagoya como residencia para su noveno hijo, Yoshinao Tokugawa. Este Tokugawa Yoshinao se convirtió en el fundador de la familia Owari Tokugawa, una de las tres familias Tokugawa o el dominio Owari.
Cinco personas, entre ellas Tadayuki Takigawa y Masazane Sakuma, fueron designadas magistrados de construcción para nivelar el terreno y construir muros de piedra antes de construir el castillo. Está registrado que el muro de piedra de la torre del castillo fue construido por Kiyomasa Kato, quien trabajaba como asistente de construcción. Además, Hirotaka Terasawa, Tadaoki Hosokawa, Takamasa Mori, Masatoshi Ikoma y Nagamasa Kuroda también son nombrados subdirectores de proyecto. Tallaron los escudos y nombres de sus familias en las piedras utilizadas para los muros de piedra y administraron estas piedras preciosas. Incluso ahora, todavía hay muchas piedras talladas en los muros de piedra del Castillo de Nagoya.
Después de que se completó la construcción del muro de piedra en solo cuatro meses, nueve personas, incluidos Nagayasu Okubo y Seiichi Kobori, fueron designadas como Sakakubugyo y comenzó la construcción. Masakiyo Nakai, quien también construyó el castillo de Nijo, fue el carpintero jefe. La construcción del castillo comenzó en junio de 1611 y se dice que la torre del castillo estuvo terminada el 21 de noviembre.
A partir de 1612, un año después de que se completó la torre del castillo, comenzó el ``Kiyosu-koshi'', en el que se trasladaron santuarios, templos e incluso la pequeña torre del castillo de Kiyosu de Kiyosu a Nagoya. En 1616, Tokugawa Yoshinao se mudó al Castillo de Nagoya, y se completó la reubicación de Nagoya. Después de eso, el Castillo de Nagoya pasó a ser utilizado como lugar para que los shoguns se detuvieran y pasaran la noche en su camino a Kioto.
En el período Meiji, el castillo de Nagoya dejó de ser la residencia del señor feudal. Luego, quedó bajo jurisdicción del Ejército y estuvo en peligro de ser demolido. Sin embargo, al tratarse de uno de los castillos más famosos del país, hubo oposición a su demolición, y después de muchas idas y vueltas, se decidió que se conservaría permanentemente. En 1893 (26 de Meiji), el Castillo de Nagoya se convirtió en la Villa Imperial de Nagoya bajo la jurisdicción de la Agencia de la Casa Imperial. Sin embargo, cuando estuvo bajo la jurisdicción del ejército, muchos edificios, incluido el Palacio Ninomaru, fueron demolidos para dar paso a instalaciones militares. Además, debido al terremoto de Nobi ocurrido en 1891 (Meiji 24), las puertas Honmaru Tamon Yagura y Nishinomaru Enokidamon colapsaron, y algunos de los muros de piedra también colapsaron. Posteriormente, se repararon la Puerta Enoki y el muro de piedra, pero se eliminó el Honmaru Tamon Yagura.
Después de convertirse en la Villa Imperial de Nagoya, el Castillo de Nagoya se convirtió en un alojamiento para la familia imperial, incluido Su Majestad el Emperador. Además, la Puerta Hasuike del antiguo Castillo de Edo será reubicada para reemplazar la Honmaru Tamon Yagura. En 1923, la Agencia de la Casa Imperial reparó la torre de la esquina suroeste que se había derrumbado durante el terremoto de Nobi. Por ello, el emblema del crisantemo está grabado en los azulejos de esta torre.
El símbolo del Castillo de Nagoya, el Shachi Dorado, fue presentado a la Agencia de la Casa Imperial en 1870 por Yoshikatsu Tokugawa, el decimocuarto señor del dominio de Owari y el primer gobernador del dominio de Nagoya, y se exhibió en la Exposición Universal y en la Exposición Universal. en Vienna.
Como resultado, la popularidad del Castillo de Nagoya y Kin no Shachi de repente se hizo mundial. Después de eso, el shachi fue devuelto a la torre del castillo de Nagoya en 1879.
En 1930, la Agencia de la Casa Imperial concedió el Castillo de Nagoya a la ciudad de Nagoya. Más tarde, de acuerdo con la Ley de Preservación del Tesoro Nacional promulgada en 1929, 24 edificios dentro del terreno, incluida la torre del castillo y el Palacio Honmaru, se convirtieron en los primeros castillos designados como antiguos tesoros nacionales. El Castillo de Nagoya se abrió al público en 1931 y se convirtió en un símbolo de Nagoya, tanto en nombre como en realidad.
Sin embargo, durante la Guerra del Pacífico, la torre del castillo de Nagoya y el Palacio Honmaru fueron destruidos por ataques aéreos en 1945 en la parte norte de la ciudad de Nagoya. Sólo seis edificios sobrevivieron al incendio: la torre de la esquina sureste, la torre de la esquina suroeste, Honmaru Omote Ninomon, Ninomaru Higashi Ninomon, Ninomaru Ote Ninomon y la torre de la esquina noroeste de Ofukai Maru.
En 1946, sólo las partes restantes del castillo fueron reabiertas al público, pero los pedidos de reconstrucción del Castillo de Nagoya se hicieron más fuertes y los trabajos de reconstrucción de la torre del castillo comenzaron en 1957. Fue terminado en 1959. Esta es la actual torre del Castillo de Nagoya.
Además, a partir de 2009 se inició la restauración del Palacio Honmaru a partir de las fotografías restantes. El Palacio Honmaru se abrió al público por etapas en 2013 y 2016, y se abrió completamente al público en 2018.
Actualmente se está realizando la restauración de la torre del castillo de antaño (de madera).